المنهج العلمي التجريبي وضع جابر بن حيّان أسس المنهج العلمي التجريبي حيث بنى معرفته الكيميائية على التجارب والاستقراء والاستنتاج العلمي. وهكذا آمن جابر إيماناً عميقاً بأهمية إجراء التجارب كسبيل علمي دقيق للوقوف على الحقائق بعد أن تخلى عن منهج التأمل العقيم المنقطع الصلة بالواقع المشاهد. ونادى بأن دراسة العلوم الطبيعية أساسها التجربة، ولأن جابر كان أول من أدخل التجربة العلمية المختبرية في منهج البحث العلمي الذي أرسى قواعده، فإنه كان يوجه طلابه بالقول المأثور عنه: “وأول واجب أن تعمل وتجري تجارب، لأن من لا يعمل ويجري التجارب لا يصل إلى أدنى مراتب الإتقان. فعليك بالتجربة لتصل إلى المعرفة”. ولقد درس جابر بن حيان المنهج العلمي عند علماء اليونان بكل إمعان، فوجده يرتكز على التحليلات الفكرية الغامضة واتجه هو نحو الاعتماد على المنهج العلمي الذي يخضع للتجربة المختبرية والبرهان الحسّي، وذلك مع الاحتفاظ بالنظريات التي تُعتبر عصب البحث العلمي. وإضافة إلى ذلك، فإن جابر كان يجمع بين الامتحان التجريبي أو العمل المعملي والفرض العقلي الذي تأتي التجربة لتأييده أو رفضه أو تكذيبه، وهو ما يُعتبر لُب المنهج التجريبي. وفي هذا يقول: “لقد عملته بيدي وبعقلي من قبل وبحثت عنه حتى صح وامتحنته فما كذب” .وهذا يعني أن التجربة وحدها لا تكفي لتصنع عالماً، بل لابد من أن يسبقها الفرض العلمي الذي يصنعه العالم، ثم تكون التجربة بعدئذ هي الدليل على صحته أو خطأه. ويقول جابر أيضاً: “إياك أن تجرب أو تعمل حتى تعلم. ويحق أن تعرف الباب من أوله إلى آخره بجميع تقنياته وعِلله، ثم تقصد التجريب فيكون بالتجربة كمال العلم”.