الآثار الجانبية على الرغم من ان المضادات الحيوية تعتبر عموما آمنة، فقد ارتبطت بسلسلة واسعة من الآثار الضارة.[25] والآثار الجانبية عديدة ومتنوعة ويمكن أن تكون خطيرة جدا حسب استخدام المضادات الحيوية والكائنات الميكروبية المستهدفة. ومظاهر سلامة الأدوية الأحدث قد لا تكون معترف بها مثل تلك الأدوية التي تم استخدامها لسنوات عديدة.[25] ويمكن أن تتراوح آثارها الضارة من حمى وغثيان إلى الاصابة بحساسية كبرى مثل التهاب الجلد الضوئي. [بحاجة لمصدر] واحد أكثر الآثار الجانبية شيوعا هي الإسهال، وأحيانا بسبب البكتيريا اللاهوائية المطثية العسيرة، والتي تنتج من إخلال المضادات الحيوية بالتوازن الطبيعي للفلورا المعوية، [26] النمو السريع لهذه البكتيريا المسببة للأمراض قد يخفف عن طريق ادخال البروبيوتيك خلال دورة من المضادات الحيوية. [بحاجة لمصدر] يسبب المضاد الحيوي اختلال في تعداد البكتيريا التي تتواجد عادة في كمكون طبيعي في منقطة المهبل، وربما يؤدي إلى زيادة نمو أنواع من الخميرة من جنس المبيضات في منطقة الفرج والمهبل.[27] ويمكن أن تنتج الآثار الجانبية الأخرى عن التفاعل مع أدوية أخرى، مثل ارتفاع مخاطر ضرر الأوتار من إدارة الكينولون مضاد حيوي مع الستيرويدات القشرية النظمية. التفاعلات مع الأدوية حبوب منع الحمل نظريا، يعتقد ان تدخل في بعض المضادات الحيوية مع كفاءة حبوب تحديد النسل يحدث بطريقتين. تعديل البكتيريا المعوية قد تؤدي إلى خفض الامتصاص من الاستروجين. وثانيا، حث انزيمات الكبد مما يسبب لهم ايض حبوب منع الحمل في أسرع المكونات النشطة قد يؤثر على فائدة حبوب منع الحمل.[28] ومع ذلك، فإن غالبية الدراسات تشير إلى أن المضادات الحيوية لا تتعارض مع وسائل منع الحمل [28] حتى ولو نسبة مئوية صغيرة من النساء قد انخفضت تجربة فعالية حبوب منع الحمل أثناء أخذ المضادات الحيوية، ونسبة الفشل هي مماثلة لتلك التي تناول حبوب منع الحمل، [29] وعلاوة على ذلك، لم تكن هناك دراسات التي أثبتت بشكل قاطع أن اضطراب في الأمعاء يؤثر على النباتات وسائل منع الحمل.[30][31] التفاعل مع الجمع بين حبوب منع الحمل عن طريق الفم من خلال تحريض أنزيمات الكبد من الجريزوفولفين الأدوية المضادة للفطور ومضاد حيوي واسع الطيف ريفامبيسين وقد تبين أن يحدث. فمن المستحسن أن تدابير اضافية لمنع الحمل يتم تطبيقها أثناء العلاج باستخدام مضادات الميكروبات هذه مضادات الميكروبات.[28] الكحولALCOHOLS يمكن ان تتدخل الخمور بتأثير المضادات الحيوية أو باستقلابها .[32] وقد تؤثر على نشاط إنظيمات الكبد، التي تستقلب المضادات الحيوية.[33] وعلاوة على ذلك، بعض المضادات الحيوية، بما في ذلك ميترونيدازول، تينيادازول، cephamandole، الكيتوكونازول، latamoxef، cefoperazone، cefmenoxime، وfurazolidone، تتفاعل كيميائيا مع الكحول، مما يؤدي إلى آثار جانبية خطيرة، تشمل القيء الشديد والغثيان وضيق في التنفس. ولذلك لا ينصح بتعاطي الأغوال عند تناول مضادات حيوية مثل هذه.[34] بالإضافة إلى ذلك، قد تخفف في ظروف معينة الكثير من مستويات الدوكسيسيكلين وسكسينات الاريثروميسين، بأستهلاك الكحول.[35] مقاومة المضادات الحيوية ووزارة شؤون المرأة التي تصور مثسلين مقاومة للبكتيريا المكورات العنقودية الذهبية. ظهور المقاومة للمضادات الحيوية هو عملية تطورية تعتمد على اختيار الكائنات التي عززت القدرة على البقاء على قيد الحياة مع جرعات المضادات الحيوية التي كانت قاتلة قبل ذلك.[36] والمضادات الحيوية مثل البنسلين والاريثرومايسين التي اعتادت ان تكون علاجات معجزة هي الآن أقل فعالية لأن البكتيريا أصبحت أكثر مقاومة.[37] تعمل المضادات الحيوية أنفسها بمثابة ضغط انتقائي الذي يسمح بنمو مقاومة البكتيريا داخل الكتلة السكانية وتثيط الجراثيم الحساسة.[38] ظهر اختيار المضادات الحيوية للمقاومة داخل التجمعات البكتيرية في عام 1943 في تجربة لوريا - ديلبروك. [39] وغالبا ما ينتج بقاء البكتيريا عن توريث المقاومة.[40] أي مقاومة للمضادات الحيوية قد تفرض تكلفة بيولوجية وانتشار مقاومة البكتيريا للمضادات الحيوية قد تعرقلت بسبب انخفاض الكفاءة المرتبطة بالمقاومة وهو ما يثبت عدم ملائمة بقاء البكتيريا عندما لم تكن المضادات الحيوية موجودة. ومع ذلك، قد تعوض الطفرات الإضافية هذه التكاليف والكفاءة وتساعد على بقاء هذه البكتيريا.[41] ويمكن أن تختلف الآليات الجزيئية الكامنة التي تؤدي إلى مقاومة المضادات الحيوية. وقد تحدث المقاومة الجوهرية بصورة طبيعية نتيجة لهذه البكتيريا في التركيبة الجينية.[42] قد يفشل الكروموسوم البكتيري لترميز البروتين الذي يستهدف المضادات الحيوية. اكتسبت النتائج مقاومة من طفرة في الكروموزوم البكتيري أو الحصول على الحمض النووي خارج الكروموسومات.[42] البكتيريا المنتجة تطورت آليات المقاومة التي أثبتت أن يكون شبيها، وربما يكونون قد نقلوا إلى سلالات مقاومة للمضادات الحيوية.[43][44] انتشار آليات المقاومة للمضادات الحيوية يحدث من خلال الانتقال الرأسي للطفرات الموروثة من الأجيال السابقة وإعادة التركيب الوراثي للحمض النووي عن طريق تبادل الوراثية الأفقي.[40] مقاومة المضادات الحيوية المتبادلة بين جراثيم مختلفة من البلازميدات أن الجينات التي تحمل رموز المقاومة للمضادات الحيوية التي قد تنجم في المشاركة في المقاومة للمضادات الحيوية متعددة.[40][45] هذه البلازميدات يمكن أن تحمل جينات مختلفة مع آليات متنوعة المقاومة للمضادات الحيوية ولكن لا علاقة لأنها تقع على نفس بلازميد متعددة المقاومة للمضادات الحيوية لأكثر من المضادات الحيوية يتم نقلها.[45] بدلا من ذلك، عبر المقاومة للمضادات الحيوية الأخرى في إطار النتائج البكتيريا المقاومة عند نفس الآلية هي المسؤولة عن المقاومة لأكثر من المضادات الحيوية يتم اختيارها.[45] -يتبع-
حبوب منع الحمل نظريا، يعتقد ان تدخل في بعض المضادات الحيوية مع كفاءة حبوب تحديد النسل يحدث بطريقتين. تعديل البكتيريا المعوية قد تؤدي إلى خفض الامتصاص من الاستروجين. وثانيا، حث انزيمات الكبد مما يسبب لهم ايض حبوب منع الحمل في أسرع المكونات النشطة قد يؤثر على فائدة حبوب منع الحمل.[28] ومع ذلك، فإن غالبية الدراسات تشير إلى أن المضادات الحيوية لا تتعارض مع وسائل منع الحمل [28] حتى ولو نسبة مئوية صغيرة من النساء قد انخفضت تجربة فعالية حبوب منع الحمل أثناء أخذ المضادات الحيوية، ونسبة الفشل هي مماثلة لتلك التي تناول حبوب منع الحمل، [29] وعلاوة على ذلك، لم تكن هناك دراسات التي أثبتت بشكل قاطع أن اضطراب في الأمعاء يؤثر على النباتات وسائل منع الحمل.[30][31] التفاعل مع الجمع بين حبوب منع الحمل عن طريق الفم من خلال تحريض أنزيمات الكبد من الجريزوفولفين الأدوية المضادة للفطور ومضاد حيوي واسع الطيف ريفامبيسين وقد تبين أن يحدث. فمن المستحسن أن تدابير اضافية لمنع الحمل يتم تطبيقها أثناء العلاج باستخدام مضادات الميكروبات هذه مضادات الميكروبات.[28]