من الفوائد الصحية لصلاة الفجر أن القيام للصلاة يمنع الإنسان من النوم لساعات طويلة و متواصلة , لأنه ثبت علميا بأن النوم لمدة طويلة يؤدي إلى الإصابة بأمراض القلب و الشرايين, و ذلك نتيجة ترسب المواد الدهنية على جدران الأوعية الشريانية الإكليلية القلبية.